Una delle caratteristiche più insolite di Leonardo riguarda proprio il suo modo di scrivere. Egli infatti utilizzava la scrittura speculare, la quale consiste nello scrivere le lettere come se fossero riflesse in uno specchio, da destra verso sinistra per i popoli occidentali e da sinistra verso destra per quelli orientali e arabi. Questo tipo di scrittura però non comportava solamente un cambio di direzione, ma anche la presenza nelle lettere di forme curve e ampie, di tracciati centrifughi e centripeti. La scrittura di Leonardo conteneva infatti ritmo, movimento e un notevole senso dello spazio e delle forme.
Le tesi sulla decisione di Leonardo di utilizzare questa scrittura sono molte.
Max Pulver, nel suo scritto La simbologia della scrittura, sostiene che la stesura della grafia sia sottoposta all'agire di quattro vettori: alto, basso e sinistra, destra. A seconda dei propri accaduti personali riguardanti l'esterno, lo scrittore proietta attraverso la scrittura se stesso, occupando in maggiore o in minore modo i diversi vettori. Così la scrittura di Leonardo per Pulver significherebbe la voglia dell'individuo di tornare all'origine, ai valori passati ed agli aspetti mediativi.
Tempo fa si riteneva invece che la particolarità della sua grafia fosse solo la difesa di un uomo geniale desideroso di rendere più riservati i suoi scritti, specialmente i Codici.
Secondo alcuni Leonardo scriveva in questo modo in seguito ad un incidente che lo aveva obbligato a diventare mancino: egli ritrovatosi in difficoltà avrebbe escogitato un modo per scrivere comodamente anche con la mano sinistra. Anche Vasari, nella sua Vita di Leonardo, associa il suo tipico modo di scrivere al suo essere mancino: "[...] ed in quegli, a parte a parte, di brutti caratteri scrisse lettere, che son fatte con la mano mancina a rovescio; e chi non ha pratica non l'intende, perché non si leggono se non con lo specchio".
Altri ancora ipotizzano che lo scrittore abbia scoperto in gioventù il piacere di questo tipo di scrittura, in quegli anni molto diffusa, e che abbia voluto coltivarlo come vezzo. Oggi, invece, gli studi hanno portato a considerare l'ipotesi che Leonardo fosse dislessico, quindi portatore di una malattia che andava ad alterare le sue capacità di lettura e soprattutto di scrittura. Quella della scrittura è solamente una delle caratteristiche che avvolge lo scrittore, l'architetto, lo scienziato e molto altro, in un alone di mistero irrisolvibile.