Nel XVII secolo crebbe l’interesse nei confronti delle lesioni anatomiche, ed aumentarono le relazioni di casi clinici corredati di riferimenti autoptici (relativi all’autopsia). A questo nuovo modo di procedere venne dato il nome di “anatomia practica”, e venne a configurare in maniera moderna quella che tuttora chiamiamo “anatomia patologica”, espressione introdotta da Friedrich HoffmannFriedrich Hoffmann (1660- 1742), professore di medicina e medico a Berlino alla corte di Federico I, con le sue concezioni meccaniciste cercò di spiegare tutte le funzioni dell'organismo da un punto di vista matematico. nel 1713.
Si passò così dalla descrizione di un singolo caso clinico alla descrizione scientifica e sistematica delle lesioni in un cadavere, come per esempio fece Franz de le Boë Franz de le Boë (1614- 17672), medico olandese, professore all'università di Leida, fu il più famoso esponente della iatrochimica, dottrina che forniva un'interpretazione chimica delle malattie e della loro cura. Fu l'inventore del gin, elaborato con l'intento di trovare un rimedio per la febbre., il più importante esponente della iatrochimica, creatore del concetto di “tubercolo”.
De le Boë, basandosi su diverse autopsie eseguite su cadaveri di tisici, descrisse nella sua Opera medica (1680) i tubercoli: «Osservai più di una volta nei polmoni tubercolo simili a ghiandole più o meno grandi, la cui sezione dimostrò che contenevano pus screziato. Ritengo pertanto che questi tubercoli, trasformati in pus e consumatasi la loro tenue membrana, si eliminino con le vomiche, e in essi vidi con frequenza l’origine della tisi».

Sempre nel Seicento Théophile BonetThéophile Bonet (1620-1689), medico svizzero, iniziò la sua carriera a 23 anni, diventando perfino archiatra di Enrico II. Diventato sordo a 50 anni, si dedicò alla scrittura di libri di medicina. Il suo Sepulchretum è noto come il primo libro completo di anatomia patologica. nel suo Sepulchretum, seu Anathomia practica ex cadaveribus morbo denatis (1679) raccolse tutti i dati anatomo-patologici noti fino ad allora.
Il libro del Bonet contiene molte inesattezze anche per il fatto che solo una piccola parte di questi casi fu da lui direttamente osservata, mentre per la maggior parte si tratta di osservazioni trascritte da altri autori, spesso simili a narrazioni fantastiche, prive di ogni valore medico.
Tutti i casi riportati sono ordinati secondo la sintomatologia predominante, senza tener conto delle lesioni riscontrate nell’autopsia del cadavere, poiché le osservazioni anatomiche erano subordinate ai dati clinici, in stretta aderenza al concetto di medicina practica.
Nonostante nel Sepulchretum la denominazione delle malattie avesse un fondamento esclusivamente sintomatico, questo libro costituisce un prezioso documento nella storia dell’anatomia patologica.