Emilio Alfieri aveva una personalità poliedrica: dedicò la sua vita allo studio, all’attività clinica e all’insegnamento ma aveva anche una «passione per la montagna, le escursioni, la speleologia, la poesia, la contemplazione delle cose belle della natura» (Giuseppina Bock, Antonia Francesca Franchini, Emilio Alfieri. Nota biografica in Arte e medicina, a cura di Giulio Bora, Gianpaolo Garavaglia, Daniela Spagnolo Martella, Skira, Milano, 2005). Fu anche grazie ai suoi interessi in ambito umanistico che cominciò la sua raccolta di libri antichi, che ebbe inizio a Perugia.

Alfieri oltre ad essere un ginecologo stimato nel suo ambito fu anche un professore completo e autore di una vasta produzione scientifica. Egli scrisse circa 200 pubblicazioni in cui si occupò di anomalie fetali, fisiologia ostetrica, patologie ginecologiche, tecnica strumentale, diagnostica e interventistica, proponendo procedimenti del tutto innovativi nel rispetto della salvaguardia di madre e feto.
Si occupò anche di tubercolosi e gravidanza, gestosi e termalismo, di cancro all’utero e alle ovaie, di infezioni puerperali, del rapporto fra gravidanza e cardiopatia e di fecondazione artificiale. Egli si interessò anche di sterilità femminile, argomento molto trattato ai suoi tempi.
Inoltre nel 1939, in onore dei suoi trenta anni di insegnamento, furono raccolti dai suoi allievi gli scritti medico- sociali (1905- 1932) che vennero pubblicati con il seguente titolo: Per la tutela della maternità e della stirpe. Scritti medico- sociali (1905- 1939).
Alfieri collaborò inoltre con numerose riviste scientifiche come gli Annali di Ostetricia e Ginecologia, La medicina italiana, Il Bollettino della Società medico- chirurgica di Pavia, L’arte ostetricia e la Gazzetta Italiana delle Levatrici: i suoi articoli vennero spesso ristampati sotto forma di opuscoli. Egli cooperò perfino con l’Istituto dell’Enciclopedia Italiana.

Emilio Alfieri si impegnò per un breve periodo anche sul fronte editoriale: agli inizi del 1949 scrisse Raffigurazioni artistiche di una diagnosi ostetrica: Calisto riconosciuta incinta dalle sue compagne al cospetto di Diana, libro ispirato dalle Metamorfosi di Ovidio, dedicato a sua moglie. Egli stesso ne fu l’editore, stampandolo con l’intestazione di “Biblioteca ginecologica del prof. Emilio Alfieri”, usata solo in questa occasione.

Alfieri oltre ad essere impegnato nell'ambito scientifico della medicina ufficiale aveva un grande interesse anche verso la medicina sperimentale- popolare. Egli fu per esempio un fervido sostenitore delle cure termali, particolarmente indicate per la cura delle malattie ginecologiche: fu infatti un consulente delle Terme di Salsomaggiore, dove venivano inviate diverse pazienti della Clinica Mangiagalli.